《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙。

事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败。

光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬到人间，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天，渴望成为蜀山大侠。同时，重楼自魔界窥探人间，发现飞蓬的转世如此卑微平凡，于是滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，拿到飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。景天结识了唐门小姐雪见，重楼也寻到景天，向他发起挑战，并将魔剑给予了景天，从此景天改变了自己的生活。一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山大弟子长卿及其未婚妻紫萱，一直隐藏在魔剑中的鬼魂也化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。

众人走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。在这个过程中，众人互相扶持，患难与共，历经重重磨难，终于获得五灵珠，战胜了邪剑仙，维护了人间的和平。